Asrama SMAK St. Paulus terdiri dari dua lembaga/unit: Asrama Putra St. Paulus dan Asrama Putri St. Paulus. Kedua asrama ini berada dalam satu kompleks sekolah, meski bangunanya berbeda. Asrama Putri SMAK St. Paulus terletak di sebelah timur gedung SMAK. St. Paulus. Sedangkan asrama Putra SMAK St. Paulus terletak di sebelah selatan gedung SMAK. St. Paulus. Karena letaknya yang berada dalam satu kompleks tersebut maka surat menyurat dapat dialamatkan ke alamat jalan dengan nomer yang sama. Asrama Putra maupun asrama putri St. Paulus beralamat di Jalan Trunojoyo 22c.

Kedua asrama ini didirikan dengan tujuan untuk membantu murid dari luar kota Jember agar mendapatkan tempat tinggal yang layak selama bersekolah di SMAK. Pada sisi lain, keberadaan asrama diharapkan meningkatkan jumlah murid yang sekolah di lembaga pendidikan milik Ordo Karmel ini. Kedua asrama berada di bawah Br. Yohanes, O.Carm sebagai pengelola utama. Demi pengelolaan yang lebih tepat dan efektif, khusus untuk Asrama Putri St. Paulus, manajemen bekerjasama dengan para Suster PPYK sebagai pengelola.  Mereka itu adalah Sr. Clarita benedikta,PPYK., Sr. Veronika lusia, PPYK., dan Sr. Avila, PPYK. Asrama juga mempekerjakan beberapa karyawan untuk menunjang kelancaran pelayanan.

Secara kronologis, asrama putra berdiri terlebih dahulu dari asrama putri, tepatnya tahun 2014. Semula, asrama putra menempati gedung yang sekarang ditempati oleh asrama putri. Gedung itu sebelumnya merupakan rumah dari mantan guru St. Paulus, Bp. Hurjanto. Setelah selesai pembangunan gedung di lahan sebelah selatan gedung sekolah, asrama putra boyongan menempati gedung baru tersebut. Berikut disampaikan sejarah singkat asrama putra St. Paulus yang usianya  sedikit lebih tua dari asrama putri.

Semula asrama putra menempati sebuah rumah kosong di sebelah timur sekolah. Rumah kosong tersebut merupakan milik almarhum Bp. Hurjanto, pensiunan guru bahasa Inggris SMAK St. Paulus. Rumah itu cukup lama ditawarkan, tetapi karena fasilitas akses jalan masuk kecil, maka tidak ada yang mau menawar. Pada bulan November 2012 pihak pengelola sekolah mencapai kesepakatan jual beli rumah, dan pada bulan Januari 2013, pihak sekolah menyelesaikan pelunasan pembayaran pembelian rumah, pajak, sertifikat, balik nama sertifikat, dan urusan yang lainnya.

Bulan Agustus 2013 rumah direnovasi total. Semua ruang di lantai satu dan dua direhab. Di lantai satu tersedia 2 kamar, ruang makan, dan ruang belajar yang bisa difungsikan sebagai ruang rekreasi. Dua kamar mandi baru berfungsi dengan baik. Dapur dan gudang untuk menyimpan kebutuhan rumah tangga ditempatkan di belakang ruang tidur, dekat dengan ruang makan. Sedangkan tangga penghubung ke lantai dua dipindah ke selasar depan sehingga ruang menjadi lebih lapang. Tangga dilengkapi dengan kanopi, sehingga mampu menahan tampias air hujan.

Lantai dua dilengkapi dengan empat kamar berkapasitas dua murid per kamar. Dan satu kamar dengan kapasitas satu murid. Tiga kamar mandi menjadi sarana pendukung. Atap lantai dua yang terbuat dari beton direhap total. Bangunan baru ditambahkan sebagai ruang pendukung dan digunakan untuk ruang cuci, seterika, dan jemur. Rak dan almari pakaian ditempatkan di lantai ini.

Akses masuk dan keluar asrama tidak lagi menggunakan jalan di depan kantor UPTD Pendidikan Kecamatan kaliwates, Jember. Seluruh akses keluar dan masuk langsung ke halaman sekolah. Pintu dibuat dengan membongkar sebagian tembok lahan parkir.

Tahun 2014-2015 asrama mulai menerima murid. Pada awal bulan Juli 2014, asrama hanya menerima tiga orang anak. Pada bulan September bertambah dua lagi. Untuk membantu pelayanan asrama mempekerjakan seorang karyawan untuk memasak dan mencuci, seterika, dan bersih-bersih. Proses pembinaan masih sebatas doa pagi dan doa malam bersama, makan bersama, serta belajar bersama. Akhir pelajaran 2014-2015 dua murid lulus dan dua murid memutuskan untuk meninggalkan asrama.

Tanda perkembangan mulai terlihat pada tahun ajaran 2015-2016. Asrama menerima Sembilan murid. Mereka berasal dari Genteng, Situbondo, Glenmore (Banyuwangi), Silo (Kalisat). Semuanya masih kelas X. asrama hanya menerima sembilan orang karena keterbatasan kamar.

Selama tahun pelajaran berjalan, permintaan untuk tinggal di asrama makin banyak. Tetapi karena keterbatasan sarana dan prasarana dan kapasitas kamar, asrama hanya mampu menampung sepukuh orang anak.  Mempertimbangkan permintaan yang makin besar itu, para konfrater Ordo karmel yang berkarya di SMAK St. Paulus sepakat untuk membangun asrama yang lebih besar. Lahan yang tersedia di bagian selatan sekolah dirancang untuk pendirian karya ini. Maka, sepengetahuan Ordo Karmel, sekolah dan Yayasan Sancta Maria Malang menyepakati pendirian asrama.

September 2015 sekolah menandatangani kontrak pembangunan gedung dengan kontraktor. Sehingga pada bulan Oktober 2015 asrama yang baru mulai dibangun dengan target penyelesaian pada bulan Juli 2016 sudah tersedia minimal enam kamar siap huni.

Tahun pelajaran 2016-2017, meskipun pembangunan belum selesai semua, asrama baru sudah bisa menerima murid baru. Pada tahun ketiga ini, asrama menerima sepuluh murid baru. Mereka berasal dari Situbondo, Banyuwangi, Tanggul, dan Lamongan. Sehingga pada taun ketiga jumlah total penghuni asrama sebanyak delapan belas orang. Pada akhir semester gasal, dua murid mengundurkan diri sehingga anggota asrama tinggal 16 orang.

Awal tahun 2017, setelah pembangunan asrama baru selesai semua, penghuni asrama lama, pindah ke asrama baru. Mulai bulan januari 2017, semua kegiatan sudah berada di asrama baru. Sedangkan asrama lama direnovasi dan dikembangkan menjadi asrama putri. Agar dapat menampung anggota cukup banyak, pihak manajemen membeli lahan samping asrama yang saat itu ditempati oleh gedung sekolah TK milik WKRI, di mana sekolah itu sudah tidak memiliki murid yang memadai.   Pembinaan murid asrama menekankan semangat Karmel: doa, persaudaraan, dan pelayanan. Doa dihayati dalam kehidupan di pagi hari dengan diawali doa bersama dan juga pada malam hari diakhiri dengan doa bersama. Persaudaraan terwujud dengan kebersamaan saat makan, bersih-bersih kamar, dan perhatian terhadap kebersihan di rumah asrama. Pelayanan satu dengan yang lain dengan cara saling memperhatikan dan membantu. Penghuni asrama dibina untuk mengembangkan rasa kekeluargaan dan rasa saling memiliki, sense of belonging. Semua anggota asrama saling diperlakukan seperti keluarga, saling memperhatikan, dan saling menegur dan menyapa.