Pada masa-masa ini terjadi peleburan sekolah-sekolah berpelindung St. Albertus menjadi Sekolah Menengah Atas Katolik Santo Albertus (Budianta. 2011:19). Sekolah-sekolah yang dimaksud  adalah Sekolah Menengah Tinggi Katolik (SMTK) St. Albertus yang berada di Jl. Celaket 55, kemudian Jl. Oro-Oro Dowo 58; Rooms Katholiek Burgerschool School (HBS) St. Albertus yang berada di Jl. Celaket 21, dan Voorbereidend Hoger Onderwijs (VHOS) St. Albertus yang berada di Jl. Celaket 22. Rooms Katholiek Algemene Middelbare School (RKAMS) St. Albertus sendiri pada awalnya berada di Jl. Rampal Koelon (sekarang Jl. WR. Supratman) No.3,5, dan 7 dekat tangsi militer. Sekolah-sekolah ini akhirnya bersatu pindah ke Jl. Talang 1 Malang. Mereka yang berjasa menyelenggarakan sekolah ini antara lain Pater M. Van Haaren, O.Carm., Pater J. Van Rooy, O.Carm., Mer Perpetua, OSU., Pater H.J. Denteneer, O.Carm., Bp. J. Tahir,  Rm. T. Noordermeer, O.Carm., dan Pater Th.J.M. Hogenkamp, O.Carm ( https://susyssn.wordpress.com/sma-dempo-malang/).

Aneka permasalahan mengiringi perjalanan awal Yayasan. Masalah pertama adalah minimnya dana karena kebijakan pemerintah Jepang yang mengurangi gaji para pegawai pemerintahan. Begitu miskinnya masyarakat sehingga  orang desa harus menukarkan beras dengan baju ke kota. Sebaliknya, orang kota untuk mendapatkan beras harus menjual baju bekas untuk mendapatkan beras (Poespowardojo. 1996: A28-A45). Masalah kedua adalah terjadinya agresi Belanda untuk merebut kota Malang dari pemerintah Indonesia. Agresi Belanda ini tentu membuat kacau semuanya, termasuk masalah keamanan. Dampak keamanan ini langsung sangat terasa dalam kegiatan pembelajaran. Masalah ketiga adalah terjadinya pembumihangusan bangunan-bangunan Belanda dari pejuang republik. Gedung sekolah SMAK St. Albertus yang didirikan oleh para misionaris Belanda ikut dibumihanguskan. Di luar itu semua, secara intern permasalahan terjadi karena para pengurus Yayasan  banyak yang belum menjadi warga Negara Indonesia.  Menanggapi persoalan ini, Rm. Hermanus Matheus Antonius Bijlhout O.Carm selaku Superior Regularis Ordo Karmel  sekaligus ketua Yayasan Sancta Maria Malang mengadakan perubahan anggaran dasar. Perubahan anggaran ini disyahkan oleh notaris Raden  Sudiono dengan nomor akte 59, tertanggal 27 Maret 1958. Perubahan ada pada pasal 5 di mana  para pengurus Yayasan Sancta Maria Malang adalah para Romo Karmel warga Negara Indonesia dan bertempat tinggal di wilayah Vikariat Apostolik Malang. 

Bidang layanan para Karmelit yang cukup luas kurang memungkinkan terpusatnya pada layanan pendidikan. Dikatakan cukup luas karena para Karmelit menangani banyak paroki di keuskupan Malang. Hal ini diperberat oleh masih sedikitnya tenaga. Dari sini muncul pemikiran memisahkan karya Yayasan dan karya Ordo. Namun hal ini tidak mudah. Mungkin memang belum saatnya mengadakan pemisahan. Meski secara formal ada pemisahan antara Ordo dengan Yayasan, tetapi secara hakekat tidaklah demikian. Sebagaimana disampaikan oleh Rm. Th. D. Hendropuspito, O.Carm, keberadaan Yayasan Sancta Maria tidak jauh berbeda dengan keadaan sebelumnya. Dengan begitu keras, biarawan yang menjabat sebagai sekretaris Yayasan itu menggambarkan Yayasan sebagai boneka Ordo. Hal ini terjadi karena sebagaimana boneka tidak memiliki otoritas, pengurus Yayasan tidak memiliki kekuatan pun kekuasaan untuk menentukan kebijakan. Padahal sejatinya memang harus ada orang-orang yang dikhususkan untuk memikirkan dan mengembangkan Yayasan sehingga layanan pendidikan semakin optimal dan berkualitas.

Masa – masa awal berdirinya Yayasan juga ditandai dengan berdirinya SMAK St. Paulus Jember. SMAK St. Paulus berdiri pada tanggal 1 Agustus 1951. Pemberkatan dilakukan oleh Rm. Romualdus Bijlhout, O.Carm. Piagam pendirian sekolah ditandatangani oleh Prof. Dr. G. Harjaka Hardjamardjaja, O.Carm selaku ketua YSM di Jl. Talang 5(Tinambunan. 2013:109;257). Sebagai kepala sekolah pertama  adalah Rm. Quirinus Kramer, O.Carm., dibantu oleh Rm. Eliseus Sugihartono, O.Carm., dan Rm. Koos van Wanroij, O.Carm (Tinambunan.2013:109). Tetapi dalam buku Pesta Emas SMAK St. Paulus dinyatakan bahwa kepala sekolah  pertama dijabat oleh Bapak  F.X. Partanto (Sunaryanti. 2002:5). Hal ini mungkin terjadi bahwa peran Rm. Quirinus Kramer. O.Carm., dan Rm. Eliseus Sugihartono, O.Carm., lebih sebagai pihak yang mempersiapkan lembaga hingga siap beroperasi. Sedangkan Bapak F.X. Partanto menempati jabatan sebagai kepala sekolah setelah lembaga ini dianggap siap beroperasi dalam arti penuh. Masa jabatan beliau tidak lama karena keburu meninggal akibat sakit malaria pada tahun 1952. Menurut buku Selayang Pandang SMAK St. Paulus Jember alasan berdirinya sekolah yang beralamat di Jl. Rambipudji ini adalah bahwa pada saat itu di Jember baru ada satu sekolah milik misi yaitu SMPK St. Petrus. Dengan demikian,  pendirian SMAK St. Paulus menambah dan melengkapi karya pendidikan misi di kota suwar-suwir itu. Saat itu di Jember juga baru ada satu SMA negeri. Dari alasan berdirinya ini, jelas juga bahwa Sekolah ini pada awalnya adalah milik misi (pendirinya pastor paroki), bukan milik tarekat, tetapi kemudian diserahkan kepada Yayasan Sancta Maria Malang/tarekat. Perlu dicatat, bahwa meski berdiri pada tahun 1951, tetapi persiapan untuk mendirikan sekolah sudah ada sejak tahun 1940. Saat itu pucuk pimpinan pemerintahan kabupaten Jember dijabat oleh R. Soekarto (1950 – 1957).  Dalam lingkup nasional, pemerintahan Indonesia sedang menjalankan system demokrasi liberal di mana pucuk pemerintahan dipegang oleh Perdana Menteri M. Natsir, dan menteri pendidikan dijabat oleh Mr. Wongsonegoro. Masa demokrasi liberal yang sangat tidak stabil dengan sering berganti-gantinya pejabat pemerintahan sangat tidak menguntungkan dunia pendidikan. Selama Sembilan tahun demokrasi liberal (1950 – 1959) telah berganti tujuh menteri pendidikan (https://id.wikipedia.org). Tokoh-tokoh  yang berjasa mengawali pendidikan di sekolah ini antara lain Romo Petrus Nicolas Kramer, O.Carm dan Romo Benediktus Soegihartono, O.Carm (pastor paroki dan rekan), dan Bp. FX. Ibnu. Pada tampuk pimpinan Yayasan setelah Rm. GAM Harjoko Hardjomardjojo, O.Carm, ada Rm. D. Bijlhout, O.Carm (ketua), Rm. Martinus Sarko Dipojudo, O. Carm (sekertaris), dan Rm. Blomesath, O.Carm (bendahara).